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Nanozoomer 2 Hamamatsu


Tarif établissement partenaire: 17.47 €/heure
Tarif établissement public et privé : 82.24 €/heure
Technologies associées :
  • Imagerie 2D

    • Brève description :
    Systèmes d'imagerie à haut rendement, un automate, entièrement dédié au marquage immuno-histologique (image couleur). Outils indispensable pour les études de toxicité et le screening à haut débit et le stockage des lames virtuelles après coloration ou immunomarquage.

    Piloté par NDP.scan
    Objectifs :
    20X
    40X et jusqu’à 100x (zoom numérique)
    Source d’excitation : lampe

    Détecteur :
    caméra
    Type d’acquisition :
    -Acquisition automatique (210 lames)
    -Coloration histologie (Images couleurs)
    -Prestations de service pour la numérisation des lames histologiques en fond clair.


    

    Publié dans Imagerie automatisée

    Nos Outils

    Inscription  Réservation des équipements

    Pour accéder à la réservation des stations d'imagerie mis à disposition par la plate forme, vous devez vous inscrire et prendre RDV avec l'un des responsables-plateaux MRI.
    Cliquez sur Inscription.
    A réception de votre demande, votre compte sera créé mais inactif.
    Vous recevrez un email vous invitant à prendre rendez-vous avec l'un des ingénieurs listés afin d'avoir votre entretien d'inscription    .
    Si vous ne recevez pas cet email sous 3 jours ouvrés, contactez le service de gestion (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.)

    Vous avez déjà un compte MRI mais vous avez oublié votre mot de passe suivez ce lien :Rappel de mot de passe

    Formulaires de Tri.

    L’accès a certains systèmes de cytométrie nécessite le remplissage d'un formulaire de tri.
    Formulaire de tri (FR) - Formulaire de tri (EN)

    Transfert Stockage Partage des données

    sFTP
     MRI propose un service de transfert de fichiers par sFTP, accessible depuis tous les instituts hébérgeant un plateau technique MRI, ainsi que plusieurs autres organismes de recherche. Pour pouvoir profiter de ce service, vous devez posséder un login MRI et suivre la procédure téléchargeable en cliquant sur le lien "sFTP" ci dessous. Ce service est pré-installé sur toutes nos stations de travail.
    Tutoriel

    sFTPjobs
    SftpJobs est un programme permettant un transfert intelligent de vos données sur un serveur sFTP. Il automatise, priorise et continue les transferts de fichiers en tâche de fond, même lorsque l’utilisateur n’est plus connecté sur sa session.
    Tutoriel

    OMERO

    OMERO est un logiciel client-serveur pour la visualisation, la gestion et l'analyse d'images de microscopie. Du microscope à la publication, OMERO gère toutes vos images dans un dépôt central sécurisé. Vous pouvez visualiser, organiser, analyser et partager vos données depuis n'importe quel endroit où vous avez accès à Internet.
    Travaillez avec vos images à partir d'une application (Windows, Mac ou Linux), à partir du Web ou d'un logiciel tiers.
    Plus de 140 formats de fichiers d’image pris en charge, y compris tous les principaux formats des microscopes commerciaux.
     
    En tant qu'utilisateur MRI, vous avez accès à un serveur OMERO à l'adresse https://omero.mri.cnrs.fr.
    Vous pouvez vous connecter en utilisant vos identifiants MRI et commencer à l'utiliser.
    Si vous souhaitez installer l'application-bureau OMERO, suivez les instructions suivantes
     
    Les pages d'aide sont accessibles à




    Publié dans Nos Outils

    Nos outils / solutions

    Publié dans Analyse d'images

    Nos plateformes / Logiciels

    D’autres logiciels et applications sont répertoriés sur le site web  biii.info

    Plateforme / LogicielsAnalyse 2DAnalyse 3DSegmentation ObjetAutomatisationTraitement du signalFacile à utiliserTéléchargeable sur le WebPayant sur station d'analyse
    ImageJ  +++  +  +++  +++    +++  +  
    Fiji  +++  +  +++  +++    +++  +  
    Metamorph  ++    ++  ++    +++    +
    Icy  +++ +  +++  ++    +++  +  
    Zen  ++        ++  +++    +
    LAS-AF  ++  +      +  +++    +
    Definiens                +
    Imaris +  +++  +++  +    ++    +
    Volocity  +  +++        +++    +
    ISE-MESH Tools    +++        + +  
    Avizo    +++  +++      +    +
    Drishti    +++            
    Studio  +++    ++  +++    +    +
    Cell Profiler  +++    +++  +++    +  +  
    Matlab  +++  +++  +++  +++    +  +  +
    Becker&Hickl          +++  ++    +
    Symphotime          +++  ++    +
    eTomo   *          +  

    * Reconstruction d'un tomogramme de MET

    Publié dans Analyse d'images

    NOS SERVICES

    La plateforme MRI propose trois types de prestations: la mise à disposition d'équipements de façon autonome, la prestation de service et les projets collaboratifs. Après inscription auprès d'un ingénieur MRI et une formation, tout utilisateur peut utiliser les différents équipements de la plate-forme. Les tarifs par machine sont indiqués sur leur page correspondante. Les heures facturées se basent sur les heures connectées sur les équipements.

    Des relevés de consommation sont envoyés tous les 2 ou 3 mois à l'adresse e-mal indiqué à chaque création de groupe. Les bons de commande doivent être envoyés à Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. sous 1 mois et doivent être accompagnés du relevé de consommation.

    Chaque utilisateur peut créer son propre relevé de consommation en se connectant sur la page   https://cfms.mri.cnrs.fr/
    puis sur le bouton en haut à droite sur Reporting. Vous pourrez alors prendre connaissance de votre consommation de tous les comptes auxquels votre login est associé

    Vous êtes une entreprise

    Afin d'utiliser nos services, vous pouvez nous contacter au +33 (0)6 21 75 76 07 ou par mail : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
    Vous pouvez aussi consulter notre plaquette d'information.

    Formations

    La plateforme MRI propose tout au long de l'année des formations permanentes reconnues par nos principales tutelles et école doctorale. Elles sont répertoriées dans un portfolio d'ateliers BioCampus   (voir Site web BioCampus).

    Notre offre évolue chaque année :

    - Microscopie à épifluorescence et microscopie confocale: de la base à la pratique

    - Imagerie Avancée: Super-Résolution en imagerie photonique

    - Les bases du logiciel ImageJ

    - Programmation de macros avec ImageJ

    - L’apprentissage automatique « machine learning » appliqué à l’analyse d’images biologiques

    - Analyse d'images 3D

    - Les bases du logiciel OMERO

    - Cytométrie en flux: de la préparation des échantillons à l’analyse des données

    - Les bases du logiciel Flow Jo

    Expertise/Projet collaboratif

    A la demande, avec les ingénieurs MRI

    R&D

    A la demande, avec les ingénieurs MRI

     

    Publié dans Nos services

    Nos technologies

    Imagerie de l'os et extraction des structures internes d'intérêt











    Analyses morphologiques comparatives par Géométrie Morphométrique











    Création d'atlas anatomiques virtuels










    Reconstruction de fossiles (rétro-déformation, repositionnement des structures déplacées etc…)













    Publié dans Nos technologies

    Notre offre

    rendre des outils accessibles

    Tous les plateaux proposent au moins 1 poste d'analyse équipé des logiciels IMARIS, ImageJ, Huygens

    Le tarif horaire des postes d'analyse est de  6,78 € (public) et de  19,45 € (privé)

    Plateformes logiciels
    Contact :  tous les ingénieurs plateaux optique, RX et électronique

    conseiller et former

     

    Nos formations
    Contact : tous les ingénieurs plateaux optique, RX et électronique

    développer votre solution d'analyse d'images

     

    Contact :  tous les ingénieurs plateaux et Volker Baecker

    Publié dans Analyse d'images

    NOVOCYTE ACEA 2 (violet)

    
    Tarif établissement partenaire: 21.78 €/heure
    Tarif établissement public et privé : 59.44 €/heure
    Brève description :
    analyseur par cytométrie en flux de marque ACEA.
    3 lasers; 2 paramètres physiques et 13 fluorescences.
    Passeur de plaques/ tubes
    Contrôlé par le logiciel NovoExpress (ACEA)
    Excitation laser bleu 488nm:
    filtre 530/30 BP: FITC, Alexa Fluor 488, GFP, CFSE, Sytox Green, FAM-Azide, YFP, BB515
    filtre 572/28 BP : PE, (dTomato)
    filtre 615/20 BP : PE-TexasRed, PI, (mcherry), PE-CF594
    filtre 675/30 BP : PerCp, PerCp-cy5.5, PerCp-eF710, 7AAD, PE-Cy5, PE-cy5.5
    filtre 780/60 BP : PE-Cy7
    Excitation laser rouge 640 nm:
    filtre 675/30 BP : APC, A647, Crimson, Cy5, Sytox Red, eF660
    filtre 780/60BP : APC-Cy7, APC-H7, APC-AF750, APC-eF780
    Excitation laser violet 405 nm:
    filtre 445/45 BP : BD Horizon V450, Pacific Blue, AF405, BV421, Sytox blue, Dapi, BFP
    filtre 530/30 BP : BD Horizon V500, AmCyan, BV510
    filtre 572/28 BP : Pacific Orange, BV570
    filtre 615/20 BP : BV605
    filtre 675/30 BP : BV650
    filtre 780/60BP : BV785, (BV750, BV711)
    Acquisition 30 000 évènements/seconde

    Marquage intracellulaire ou de surface, fixé ou vivant

    Laboratoire en confinement L2 totalement équipé : PSM, centrifugeuse, petit matériel
    Températures idéales de fonctionnement comprises entre 19 et 26°C
    

    Publié dans Analyseur 15 parametres

    NOVOCYTE ACEA 1 (jaune)

    
    Tarif établissement partenaire: 21.78 €/heure
    Tarif établissement public et privé : 59.44 €/heure
    Brève description :
    analyseur par cytométrie en flux de marque ACEA.
    3 lasers; 2 paramètres physiques et 13 fluorescences.
    Passeur de plaques/ tubes
    Contrôlé par le logiciel NovoExpress (ACEA)
    Excitation laser bleu 488nm:
    filtre 530/30 BP: FITC, alexa Fluor 488, GFP, CFSE, AF530, Sytox Green
    filtre 586/20 BP : YFP
    filtre 615/20 BP : IP
    filtre 660/20 BP : PercP, 7AAD
    filtre 695/40 BP : PerCP-Cy5.5
    Excitation laser rouge 640 nm:
    filtre 660/20 BP : APC, A647
    filtre 695/40 BP : AF680, AF700
    filtre 780/60BP : APC-Cy7, APC-H7, eF780
    Excitation laser jaune 561 nm:
    filtre 586/20 BP : PE, dTomato,DsRed
    filtre 615/20 BP : PE-Texas Red, mCherry, dTomato
    filtre 660/20 BP : PE-Cy5, mPlum, crimson
    filtre 695/40 BP : PE-Cy5.5
    filtre 780/60BP : PE-Cy7
    Acquisition 30 000 évènements/seconde

    Marquage intracellulaire ou de surface, fixé ou vivant

    Laboratoire en confinement L2 totalement équipé : PSM, centrifugeuse, petit matériel
    Températures idéales de fonctionnement comprises entre 19 et 26°C
    

    Publié dans Analyseur 15 parametres

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