Logiciel dédié aux images 2D-5D pour la visualisation, la manipulation et la compréhension de données biologiques, notamment provenant de micro-tomographe RX.

• Disponible sur le plateau MRI-ISEM sous forme de licence flottante et sur l’ensemble des plateaux optiques MRI sur demande.
• https://www.thermofisher.com/fr/fr/home/industrial/electron-microscopy/electron-microscopy-instruments-workflow-solutions/3d-visualization-analysis-software/amira-life-sciences-biomedical.html

Logiciel pour l'analyse d'image 2D. La segmentation contextuelle, orienté objets est bien adaptée pour l'analyse des images d'histologie.

• Disponible sur le plateau MRI-INM
• http://www.definiens.com/

Fournit l'un des ensembles de fonctionnalités les plus complets et les plus robustes disponibles pour la cytométrie en flux.

• Disponible sur le plateau MRI-IGMM (prêt de dongle)
• https://www.bdbiosciences.com/eu/instruments/research/software/flow-cytometry-acquisition/bd-facsdiva-software/m/111112/features

Solution unique pour l'analyse de flux et l’analyse avancée de données. Compatible avec tous les fichiers de données de cytomètres.

• Disponible sur le plateau MRI-IGMM (prêt de dongle) et à l’IGH
• https://www.flowjo.com/solutions/flowjo

Harmony permet l'analyse hors ligne des images provenant du microscope automatisé Opera. Conçue pour les biologistes, l'interface de Harmony basée sur le flux de travail rend l'ensemble du processus d'analyse à haut contenu simple, même pour les nouveaux utilisateurs ayant peu de connaissances en microscopie ou en programmation.

Voir Harmony High-Content Imaging and Analysis Software

Logiciel dédié aux analyses d’images provenant de système d’acquisition automatisé sur plaques. Permet des mesures dynamiques au niveau de la cellule, du champ et du puits.

• Disponible sur le plateau MRI-CRBM
• https://www.thermofisher.com/fr/fr/home/life-science/cell-analysis/cellular-imaging/high-content-screening/high-content-screening-instruments/hcs-studio-2.html

Logiciel de déconvolution d’images, de visualisation et d’analyse d’images.

• Disponible sur tous les postes d’analyse d’images de la plateforme sous forme de licences flottantes.
• www.svi.nl

Logiciel de reconstruction et d’analyse d’images 3D et 4D. Se compose de modules communs comme le rendu surfacique, le tracking etc, et de modules spécifiques (en nombre limité) comme imarisXT, Filament tracer, ou Cell. Interfacage possible avec FIJI et matlab par le module XT.

• Disponible sur tous les postes d’analyse d’images de la plateforme sous forme de licences flottantes.
• www.bitplane.com

 Logiciel d’analyse des images STED. Permet la visualisation et manipulation des images multidimensionnelles ABBERIOR.

• Disponible sur le plateau MRI-IGH sur demande
• https://imspector.abberior-instruments.com/

Conçu pour analyser simplement, efficacement et rapidement des données multi-couleurs de cytmétrie. Quatre panneaux de contrôle simples permettent d'accéder à tous les aspects de vos données.

• Disponible sur tous les postes d’analyse de cytomètrie de la plateforme
• https://www.beckman.fr/flow-cytometry/software/kaluza