Microglia Analyzer est un module Python permettant de segmenter, classer et mesurer la microglie à partir d'images fluo 2D. Il s'agit également d'un plugin Napari au cas où vous auriez besoin d'une interface graphique. Chaque cellule est classée selon 3 classes : « amiboïde », “intermédiaire” et « homéostatique ». Les mesures (regroupées dans un fichier CSV à la fin) comprennent :

• La longueur totale de chaque cellule
• Le nombre de jonctions pour chaque cellule
• Le nombre de points terminaux pour chaque cellule
• La longueur moyenne des branches pour chaque cellule

A partir de l'interface graphique (Napari), un mode batch est disponible vous permettant d'exécuter l'ensemble du flux de travail sur un dossier entier.

Téléchargement et informations complémentaires : Microglia-analyzer sur github